醫生會按病人的情況而處方藥物治療真菌感染。一般的皮膚癬可使用外用抗真菌藥膏治療，如特比奈芬（Terbinafine）、硝酸咪康唑（Miconazole）、酮康唑（Ketoconazole）、克霉唑（Clotrimazole）等。頑固或嚴重的感染則需配合口服抗真菌藥物，分別有「烯丙胺」如特比奈芬、「唑類」如伊曲康唑（Itraconazole），以及其他如灰黃黴素（Griseofulvin）。烯丙胺及唑類藥物透過不同藥理殺死真菌細胞，如影響真菌細胞壁至破裂而死亡，灰黃黴素則可防止真菌細胞生長繁殖而發揮作用。
真菌感染一般需要較長時間治療，患者必須有耐性遵照醫生指示用藥，才可治癒皮膚問題徹底根治。此外，汗癬十分容易復發，尤其是曾受感染的位置，所以患者在康復後要小心護理，別讓真菌有機可乘，否則可能會反覆復發，令人十分困擾。